Zu Beginn sind alle Apfelsorten grün. Reifen die Äpfel, können sie aber je nach Sorte unterschiedliche Farben annehmen.

Grüne Äpfel enthalten besonders viel Chlorophyll - den grünen Farbstoff, der auch die Blätter von Pflanzen grün färbt. Einige Apfelsorten bauen diesen Farbstoff beim Heranreifen langsam ab - und werden gelb.
Gelbe Apfelsorten enthalten große Mengen des gelben Naturstoffs Carotin. Während des Reifungsprozesses sorgt dieser Stoff für die gelbe Färbung der Schale.
In roten Äpfeln, wie zum Beispiel der Sorte Red Delicious, werden während der Reifung besonders viele Anthocyane gebildet. Die roten Farbstoffe in der Apfelschale wirken als Antioxidationsmittel und können Schäden durch zu hohe Sonneneinstrahlung vorbeugen. Sie schützen die Früchte vor den schädlichen ultravioletten Strahlen der Sonne.

Die meisten Apfelsorten sind jedoch nicht einfarbig, sondern die Schale zeigt meist zwei oder sogar drei Farben. Diese Äpfel enthalten dementsprechend alle drei Farbstoffe. So entstehen beispielsweise auch rote Flecken auf der Apfelschale, wenn eine Stelle besonders stark der Sonne ausgesetzt war.